Nội dung Shogun 2 xoay quanh lịch sử Nhật Bản trong thế kỷ 16, sau khi cuộc chiến tranh Ōnin kết thúc. Đất nước bị chia cắt thành nhiều lãnh thổ dưới sự cại trị của những gia tộc cát cứ địa phương. Người chơi sẽ phải chọn một trong những gia tộc trên, với mục tiêu tiêu diệt các phe phái khác, và đích đến là tuyên bố quyền cai trị Nhật Bản. Phiên bản chuẩn của trò chơi gồm tổng cộng tám phe phái khác nhau (cộng với một nhóm thứ chín tại hướng dẫn cách chơi). Mỗi gia tộc đều hùng cứ một phương, và có sức mạnh chính trị và quân sự khác nhau. Các phiên bản giới khác bao gồm thêm một gia tộc Ninja, Hattori, hoặc Ikko-Ikki.[2][3]

Nội dung trò chơi không được lấy bối cảnh châu Âu như các trò chơi dòng Total War khác trước đây mà quay trở lại thiết lập ban đầu của series Total War, các yếu tố chơi game cốt lõi của Shogun 2 đều được thay đổi đáng kể. Ví dụ, để phản ánh phong cách đánh trận phương đông, AI của game được thiết kế dưa trên các nguyên tắc từ Binh pháp Tôn Tử. Ngoài ra, khác với Empire: Total War (người chơi có thể chinh phạt gần như mọi nơi trên toàn thế giới), thì thiết kế của Shogun 2 chỉ tập trung trên quần đảo Nhật Bản (trừ Hokkaido).[2]

Total War: Shogun 2 không đơn thuần chỉ dựa vào chiến trận và sức mạnh quân đội đàn áp như trong các phiên bản Total War trước đó mà bạn cần phải tính đến nhiều yếu tố khác nữa, điển hình nhất chắc chắn là khả năng ngoại giao, khả năng kiểm soát, cân bằng kinh tế. Trong lĩnh vực ngoại giao bao gồm cả mặt đối nội và đối ngoại chứ không chỉ "thích liên minh với ai thì liên minh, thích đánh ai thì đánh" - tình trạng xảy ra rất nhiều trước kia. Có thể nói, Total War: Shogun 2 hay cũng một phần không nhỏ nhờ vào yếu tố này.